يعد السيكلوترون هو الرابط الأول والعامل الرئيسي في سلسلة انتاج المواد الصيدلانية المشعة .ومن ثم فإن عملية التشغيل الموثوق والفعال تكتسب أهمية بالغة . ويقوم هذا القسم بالتحقق من أجهزة السيكلوترون الثلاث المتوفرة حاليا (CS-30) بطاقة ربط نووية تبلغ 26.7 ميجا الكترون فولت و RDS Eclipse بطاقة ربط نووية تبلغ 11 ميجا الكترون فولت وCyclone 30 IBA بطاقة ربط نووية تبلغ 30 ميجا الكترون فولت تعمل بكامل طاقتها بحيث لا تقتصر على زيادة موثوقية لتصنيع النظائر المشعة فحسب , بل تمتد الى زيادة القدرة التصنيعية لمجموعة متنوعة منها ايضا . وجرى امداد فريق العمل بخطط مطورة لتجديد جهاز السيكلوترون (CS-30) الموجود بالقسم منذ 33 عام ، استعداد لزيادة كبيرة في حجم انتاج المواد المشعة .

ويمتلك فريق العمل بقسم السيكلوترون (خاصة المهندسين) الخبرة والحرافية في تشخيص مشكلات الانظمة التي تعمل بالبخار والكهرباء والانظمة الكهرومكانيكية والتعامل معها . كما تعمل ورشة الميكانيكا المجهزة باحدث المعدات والوسائل لتصنيع الاجزاء والمكونات على دعم مدة التشغيل القصوى للمسرعات والمشاركة في تطوير الأنشطة على مستوى القسم وايضا على مستوى المستشفى ومركز الابحاث .