أبحاث جينوم السرطان البشري

يشارك مختبر أبحاث جينوم السرطان البشري (HCGR)  بنشاط في تحديد الخلل في الجينات المختلفة ومسارات الإشارة في تلك السرطانات الأكثر انتشارًا في المملكة العربية السعودية، مثل سرطان الغدة الدرقية الحليمي، وسرطان القولون والمستقيم، وسرطان الثدي، وسرطان المبيض الظهاري. يواصل الباحثون في HCGR متابعة هذه التحديات من خلال إجراء دراسات انتقالية لتحديد الاختلافات الجزيئية والوراثية التي قد تلعب دورًا في التسبب في هذه السرطانات. بمجرد تحديد هذه الاختلافات الجزيئية والوراثية، يتم إجراء تحليل مكثف للبيانات باستخدام التاريخ السريري لتحديد دور هذه التغييرات في التسبب في السرطانات. يتم أيضًا استهداف هذه التغيرات الجزيئية والوراثية المحددة باستخدام المثبطات الجزيئية أو الحمض النووي الريبي (RNA) ذو التداخل الصغير (siRNA) أو الأجسام المضادة لتحديد الجينات التي يمكن استهدافها علاجيًا لتحسين علاج السرطان. نحن عضو نشط في المشروع الدولي ICGC-ARGO، الذي نعرض فيه سرطان الغدة الدرقية. يكرس الاتحاد جهوده لإنتاج بيانات جينومية عالية الجودة حول أكثر من 25000 ورم لما يصل إلى 50 نوعًا من السرطان ذات أهمية سريرية ومجتمعية في جميع أنحاء العالم. كجزء من مشروع ICGC-ARGO، نواصل تحديد الدوافع الجينومية الجديدة لسرطان الغدة الدرقية، للمساعدة في تحسين الفهم والإدارة السريرية لهذا المرض في المملكة العربية السعودية. ولذلك، فإن المهمة الرئيسية لـ HCGR هي تصميم استراتيجيات أفضل لتشخيص الأورام ذات الصلة بالمملكة العربية السعودية على وجه التحديد والتنبؤ بها وعلاجها.


قائمة مجالات التركيز
الهدف الرئيسي من القسم هو التعرف على/تصنيف عدم التنظيم في مختلف الجينات ومسارات الإشارات في تلك السرطانات الأكثر انتشارا في المملكة العربية السعودية. ينصب تركيز القسم أيضا على إجراء أبحاث متعدية عالية الجودة باستخدام أحدث التقنيات ، بما في ذلك تحليل التسلسل عالي الإنتاجية من الجيل الثالث. يواصل العلماء والباحثون الآخرون في مختبر أبحاث جينوم السرطان البشري أبحاثهم في متابعة هذه التحديات من خلال إجراء دراسات الترجمة لتحديد العلامات الجزيئية والجينية التي قد تلعب دورا في التسبب في هذه السرطانات باستخدام أحدث التقنيات للتحقيق في وظيفة الجينات التي تورطت في التسبب في الأورام الخبيثة المختلفة.

قائمة الأقسام
علم الأمراض التجريبي وعلم الأورام الجزيئي: يركز القسم على الدراسات الانتقالية، بتطوير استراتيجيات تشخيصية وعلاجية جديدة تهدف إلى تحسين إدارة السرطان. يوفر القسم ومرافقه أدوات غير مسبوقة للبحوث الترجمية في المنطقة. المهام الرئيسية لهذا المختبر هي كما يلي:
•  تحليل تسلسلي عالي الإنتاجية لعينات الحمض النووي لتحديد الطفرات وعمليات الحذف التي قد تلعب دورًا محوريًا في التسبب في السرطانات.

•  تحديد البروتينات غير المنتظمة المختلفة والتي إما يتم التعبير عنها بشكل مفرط أو يتم تنظيمها بواسطة الكيمياء المناعية (IHC) في أنسجة الورم المختلفة في تنسيق ميكروأري للأنسجة.

•  أجريت دراسات في المختبر لتحديد مسارات البقاء غير المنتظمة والجزيئات في السرطان والتي يمكن استهدافها باستخدام مثبطات جزيئية صغيرة، والببتيدات، والأدوية التي تحدث بشكل طبيعي، واستراتيجيات ترنسفكأيشن siRNA باستخدام خطوط الخلايا السرطانية.

• أخيرًا، مزيد من التأكيد على البيانات المختبرية عن طريق تلقيح الخلايا السرطانية في الفئران العارية أو SCID ثم علاجها بمثبطات محددة ومتابعة تقدم هذه الأورام على مدار عدة أسابيع في الجسم الحي لتحديد تراجع الورم وتنظيم البروتين وقياسه. وفي الوقت نفسه تحديد أي سمية مرتبطة بالمثبطات في الحيوانات





المعلوماتية الحيوية
يقدم القسم دعم المعلوماتية الحيوية لأبحاث جينوم السرطان البشري مع التركيز الرئيسي على إدارة وتكامل وتحليل بيانات التسلسل من الجيل التالي. يحتوي القسم على أحدث الأدوات والبرامج والمرافق الحسابية لتلبية احتياجات القسم إلى جانب وجود خوادم تخزين كبيرة لسلامة البيانات والنسخ الاحتياطي. بفضل خطوط الأنابيب والأساليب والخبرات المضمنة لدينا، فإننا نستخرج المعرفة المفيدة من البيانات عالية الإنتاجية.

القسم مجهز جيدًا بالأنواع التالية من المعلوماتية الحيوية وتحليلات التسلسل عالية الإنتاجية:

• تجميع الجينوم دي نوفو

• رسم خرائط الجينوم المرجعية

• تحليل البديل

• تحليل النسخ

• رقم النسخ وتحليل التباين الهيكلي

• تطوير خطوط الأنابيب المخصصة

• تسلسل الجينوم الكامل

•التسلسل المستهدف

 
مركز الموارد البيولوجية:
تتمثل الوظيفة الرئيسية لمركز الموارد البيولوجية (BRC)  في حفظ وتخزين عينات الأورام والأنسجة الطبيعية المجمدة الطازجة. بالإضافة إلى ذلك، يتم أيضًا إجراء استخراج الحمض النووي والحمض النووي الريبي (RNA) من هذه العينات المجمدة والتي يتم استخدامها للتحليل الطفري ودراسات التعبير التفاضلي في مشاريع مختلفة. تشمل وظائف BRC ما يلي:

• معالجة المواد الحيوية (استخراج الحمض النووي و/أو الحمض النووي الريبي من الأنسجة الطازجة المجمدة أو المضمنة بالبرافين المثبتة بالفورمالين) لمختلف المشاريع البحثية.

• الكتل الخلوية المحضرة من عينات السرطان البشرية وخطوط الخلايا المستخدمة في الكيمياء المناعية.

• معالجة الأنسجة الطازجة للمقاطع المجمدة وأنسجة الفورمالين الثابتة البارافين (FFPE) من كتل البارافين الأرشيفية لتلطيخ H&E الروتيني والكيمياء المناعية.

• تحضير مصفوفة الأنسجة الدقيقة التي تحتوي على مئات عينات الورم على شريحة واحدة

• تخزين المواد الحيوية تحت درجة حرارة يمكن التحكم فيها.


الفرص الوظيفية الأساسية في القسم المُراد

يتم إجراء أبحاث جينومية السرطان البشري (HCGR) من قبل فريق تعاوني موهوب ومتخصص، يشمل العلماء والموظفين الفنيين البحوث.