تلتزم إدارة الشؤون الأكاديمية والتدريب بتوفير التعليم الطبي كجزء مهم من دور مستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث، إضافة إلى تقديمها الرعاية الصحية لمرضى المستشفى وإجرائها البحوث العلمية. كما يتم تنظيم برامج تدريب شهادة الاختصاص (الإقامة) والزمالات الطبية للطلبة في المملكة العربية السعودية بالتعاون مع الهيئة السعودية للتخصصات الصحية.